لقد اختيرت مدينة العين لبناء المتحف لتعدد وتنوع مواقع الآثار فيها، والتي يعود تاريخها إلى (5000) خمسة آلاف عاماً، باعتبارها أقدم واحة استوطن فيها الإنسان وبنى حضارته. وفي البداية اختار المرحوم الشيخ زايد حصن الشيخ سلطان بن زايد آل نهيان لتكون مقراً للمتحف، بعد أن أمر بترميمه سنة 1969 بنفس المواد المحليه التي بني عليها الحصن، والمتوفرة في البيئة. ثم أمر المرحوم الشيخ زايد بتشييد مبنى جديد في عام 1970 يضم قاعتين فقط، وقد تم افتتاحه سنة1971، ثم أضيفت قاعتان سنة 1975 وذلك لاستيعاب العدد الكبير من الآثار المكتشفة في مدينة العين.